很多人認為商用主板的CPU與工業工控主板的CPU之間的差異不明顯，導致有部分最求最大利潤的商家用商用主板的CPU充當工業工控主板CPU，賺取更多的利潤。但是自從在2009年出現專門為工控領域服務的嵌入式部門，商用CPU與工控CPU的差異則越來越大。

　　CPU的功耗和制程

　　工業工控主板一般選用的是低功耗的CPU，以便適應工控行業惡劣的環境應用。在Atom N270 CPU之前，Intel并沒有專門的嵌入式部門，只把工控領域作為普通的CPU應用行業。自2009年Intel正式成立嵌入式部門，意味著Intel將商用CPU和工控CPU正式分開，而且Intel對嵌入式工控領域的發展也越來越重視，相繼發布Atom N230、N270、N280等低功耗CPU，以區分商用CPU和工控CPU。在今后，Intel將為工控行業應用研發更低功耗和制程，將南北橋部分功能整合在處理器上的CPU，以滿足工控行業的使用要求。

　　CPU的線路設計

 

　　由于工業工控主板需要適應寬溫、寬壓的工業應用環境，工業工控主板對電壓的適應范圍比商用主板更寬，工業工控主板的電壓范圍一般在9—20V之間。對于CPU的線路布局和設計，要求更加精密。

　　抗電磁波干擾能力

　　不同由于普通商用主板的市場定位和良好的使用環境，其產品一般只會做商用級的電磁兼容測試，抗電磁波干擾能力較低。

　　工業工控主板由于其針對的是工業市場，對抗電磁波干擾能力要求較高，需要通過EMI、EMC等測試和認證。這需要從兩個方面考慮，一是從主板的線路布局設計上考慮，二是從機箱選料和結構、電源、接地情況上進行考慮。